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© Laboratory of Proteomics for Drug Discovery, Center for Drug Design Research, National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition

共同研究・受託解析Collaborative Research & Contract Analysis

プロテオーム共同研究・受託解析について

当プロジェクトはアカデミア・企業を問わず、種々のプロテオーム解析の共同研究・受託解析を行っています。
近年のプロテオーム解析技術は飛躍的に進歩していますが、当プロジェクトは、微小な臨床検体からリン酸化修飾を高感度・高深度定量する技術や、1000検体を超える血液中細胞外小胞のプロテオーム解析を実施可能な高感度・ハイスループットな解析プラットフォームを構築してきました。（ Cell rep. 43(10):114774. 2024., ACS Omega. 7(45):41472-41479. 2022.）。
現在当プロジェクトには、Orbitrap Astral, Exprolis480, Fusion Lumos3台を含むハイエンド質量分析計が8台設置されており、世界トップレベルのプロテオーム解析拠点を目指しています。

解析手法

  1. DIA法を用いた網羅的タンパク質定性・定量解析
  2. ショットガンプロテオミクスを用いた網羅的リン酸化タンパク質定性・定量解析
  3. DIA法を用いた網羅的タンパク質間相互作用解析

解析対象

  • ヒトやマウス等の組織
  • ヒトやマウス等の培養細胞および培養上清
  • ヒトやマウス等のエクソソーム
  • 上記の検体のSDS‐PAGE試料（インゲル消化）

解析機器

  • サーモフィッシャーサイエンティフィック　Orbitrap Astral 
  • サーモフィッシャーサイエンティフィック　Orbitrap　Exprolis480
  • サーモフィッシャーサイエンティフィック　Orbitrap Fusion Lumos
  • サーモフィッシャーサイエンティフィック　Q Exactive Plus
  • サーモフィッシャーサイエンティフィック　Q Exactive

主な参考文献

  1. Gunji D, Abe Y, Muraoka S, Narumi R, Isoyama J, Ikemoto N, Ishida M, Shinkura A, Tomonaga T, Nagayama S, Takahashi Y, Fukunaga Y, Sakai Y, Obama K, Adachi J*. Longitudinal phosphoproteomics reveals the PI3K-PAK1 axis as a potential target for recurrent colorectal liver metastases. Cell Rep. in press. DOI: 10.1016/j.celrep.2024.115061. 
  2. Shoji H, Hirano H, Nojima Y, Gunji D, Shinkura A, Muraoka S, Abe Y, Narumi R, Nagao C, Aoki M, Obama K, Honda K, Mizuguchi K, Tomonaga T, Saito Y,  Yoshikawa T, Kato K, Boku N, Adachi J*. Phosphoproteomic subtyping of gastric cancer reveals dynamic transformation with chemotherapy and guides targeted cancer treatment. Cell rep. 43(10):114774. 2024. DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114774
  3. Gunji D, Narumi R, Muraoka S, Isoyama J, Ikemoto N, Ishida M, Tomonaga T, Sakai Y, Obama K, Adachi J. * Mol Omics. 2023 May 26. doi: 10.1039/d3mo00042g. PMID: 37232035
  4. Muraoka S, Hirano M, Isoyama J, Ishida M, Tomonaga T, Adachi J. * Automated Proteomics Sample Preparation of Phosphatidylserine-Positive Extracellular Vesicles from Human Body Fluids. ACS Omega. 2022 Nov 3;7(45):41472-41479. doi: 10.1021/acsomega.2c05244. eCollection 2022 Nov 15. PMID: 36406491
  5. Adachi J*, Kakudo A, Takada Y, Isoyama J, Ikemoto N, Abe Y, Narumi R, Muraoka S, Gunji D, Hara Y, Katayama R, Tomonaga T. Systematic identification of ALK substrates by integrated phosphoproteome and interactome analysis. Life Sci Alliance. 2022 May 4;5(8):e202101202. doi: 10.26508/lsa.202101202. Print 2022 Aug. PMID: 35508387
  6. Comprehensive proteomic profiling of plasma and serum phosphatidylserine-positive extracellular vesicles reveals tissue-specific proteins. Muraoka S, Hirano M, Isoyama J, Nagayama S, Tomonaga T, Adachi J. * iScience. 2022 Mar 1;25(4):104012. doi: 10.1016/j.isci.2022.104012. eCollection 2022 Apr 15. PMID: 35340435
  7. Temporal dynamics from phosphoproteomics using endoscopic biopsy specimens provides new therapeutic targets in stage IV gastric cancer. Hirano H, Abe Y, Nojima Y, Aoki M, Shoji H, Isoyama J, Honda K, Boku N, Mizuguchi K, Tomonaga T, Adachi J. * Sci Rep. 2022 Mar 25;12(1):4419. doi: 10.1038/s41598-022-08430-7. PMID: 35338158
  8. Abe, Y., Hirano, H., Shoji, H., Tada, A., Isoyama, J., Kakudo, A., Gunji, D., Honda, K., Boku, N., Adachi, J., and Tomonaga, T. (2019) Comprehensive characterization of the phosphoproteome of gastric cancer from endoscopic biopsy specimens. Theranostics. 2020 Jan 12;10(5):2115-2129. doi: 10.7150/thno.37623. eCollection 2020. PMID: 32089736

共同研究・受託解析のご依頼は、お気軽に下記の連絡先にお問い合わせください。
ご不明な点等ございましたら、何なりとご質問ください。

（問い合わせ先）

創薬標的プロテオミクスプロジェクト
プロジェクトリーダー 足立 淳
Eメール：jun_adachi nibn.go.jp